Bá tước Melgueil là người đầu tiên đặt tên cho thành phố là Montpellier năm 985. Tiếp sau đó, những vùng lân cận như Nimes, Narbonne, Béziers hay Carcassonne được hình thành vào thời kì La Mã vào thế kỉ thứ 11. Nằm giữa Tây Ban Nha và Ý, gần với hải cảng Lattes, thành phố Montpellier nhanh chóng trở thành 1 trung tâm giao lưu văn hoá, kinh tế, mỹ nghệ, kim hoàn giữa khu vực Bắc Âu với Tây Ban Nha nói riêng và cả vùng Địa Trung Hải nói chung.Sau cái chết của bá tước Guilhem VIII ngày 9 thánh 11 năm 1202, đánh dấu chấm hết cho sự cai trị của triều đại nhà Guilhem mở dường cho việc hình thành chính quyền thành phố theo nền cộng hòa.Vào thời kì Trung cổ, nhà thờ Notre – Dame - des tables là nơi tập trung những người hành hương đến từ Saint - Jacques-de - Compostelle. Điều này kéo theo sự hình thành các viện bệnh và viện nhà cứu trợ. Các bác sĩ người do thái và ả rập dưới sự săn đuổi của người Tây Ban Nha tập trung lại đây và cho ra đời trường y Montpellier (l’école Médecine de Montpellier) năm 1220 dưới quyền lãnh đạo của cha sứ Honorius III. Đây cũng được xem là một trong những trường Y khoa lâu đời nhất của Pháp.Vào những năm đầu của thế kỉ XVII và XVIII, giới quý tộc Montpellier bắt đầu hình thành một thú vui xây dựng nhiều cung điện nguy nga và nhiều vườn hoa. Một trong những nơi đẹp nhất là l’hôtel de Guidais, vườn Peyrou. Quảng trường Comédie và L’arc de triomphe – Esplanade du Peyrou được xây dựng dưới lệnh của vua Louis XIV vào thế kỉ XVII.Vào thời điểm chiến tranh thế giới lần thứ hai, ngày 13 tháng 2 năm 1941, dưới sự dẫn dắt của thống chế Pétain, chính phủ Pháp lâm thời, đã có cuộc gặp gỡ với tướng Franco (bấy giờ là người lãnh đạo nhà nước thân phát xit ở Tây Ban Nha).Sau chiến tranh thế giới lần thứ hai, một lần nữa Montpellier lại được vinh hạnh là nơi diễn ra cuộc gặp gỡ ký kết về hợp tác song phương giữa tổng Francois Mitterrand. thủ tướng Michel Rocard và thủ tướng Tây Ban Nha Felipe Gonzaléz vào ngày 23, 24 tháng 11 năm 1988.